Η Σ.Α.Ε.Κ Νεάπολης ιδρύθηκε το 1992 ως 2ο Πειραματικό Ινστιτούτο Επαγγελματικής Κατάρτισης (ΙΕΚ) Θεσσαλονίκης (ΥΑ 376/7-7-1992, ΦΕΚ 475/Β/23-7-1992), στο πλαίσιο του Ν. 2009/1992 (ΦΕΚ 18/Α/14-2-1992) που είχε προηγηθεί. Σύμφωνα με τις διατάξεις του ανωτέρω Νόμου είχε καθιερωθεί το Εθνικό Σύστημα Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Κατάρτισης (Ε.Σ.Ε.Ε.Κ.) και είχε ιδρυθεί ο Οργανισμός Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Κατάρτισης (Ο.Ε.Ε.Κ.), ο οποίος είχε την ευθύνη της οργάνωσης και λειτουργίας των Δημοσίων Ι.Ε.Κ..
Στεγάσθηκε στους χώρους του σχολικού συγκροτήματος του πρώην Στρατοπέδου Στρεμπενιώτη στο Δήμο Νεάπολης (όπου λειτουργεί μέχρι και σήμερα) και αφού μετονομάσθηκε αρχικά σε 2ο Τεχνολογικό Ι.Ε.Κ. Θεσσαλονίκης, στις 2/9/1997 έλαβε την ονομασία Ι.Ε.Κ. Νεάπολης με την Απόφαση Η/13998 του Προέδρου του Ο.Ε.Ε.Κ..
Μετά την κατάργηση του Ο.Ε.Ε.Κ. σύμφωνα με τις διατάξεις του Ν. 3879/2010 (ΦΕΚ 163/Α/21-9-2010), ο έλεγχος, η οργάνωση και η εποπτεία της Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Κατάρτισης ανατίθεται στη Γενική Γραμματεία Δια Βίου Μάθησης του Υπουργείου Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (Γενική Γραμματεία Επαγγελματικής Εκπαίδευσης, Κατάρτισης και Δια Βίου Μάθησης / Υπουργείο Παιδείας, Θρησκευμάτων και Αθλητισμού οι σημερινές ονομασίες).
Με τον Ν. 4186/2013 (ΦΕΚ 193/Α/27-9-2013) επαναπροσδιορίζεται η έννοια και ο σκοπός και περιγράφεται η ίδρυση και η λειτουργία των Δημοσίων Ι.Ε.Κ. Στο πλαίσιο του ανωτέρω νόμου, με την ΚΥΑ 10629/17-9-2013 (ΦΕΚ 2599/Β/15-10-2013), ιδρύεται το Δημόσιο Ι.Ε.Κ. Νεάπολης (Κωδικός 1093604).
Με την ψήφιση και δημοσίευση του Ν. 5082/2024 (ΦΕΚ 9/Α/19-9-2024), τα Δημόσια και Ιδιωτικά Ι.Ε.Κ. μετονομάζονται σε Σχολές Ανώτερης Επαγγελματικής Κατάρτισης και, κατά συνέπεια, το Ι.Ε.Κ Νεάπολης λαμβάνει την ονομασία Σχολή Ανώτερης Επαγγελματικής Κατάρτισης (Σ.Α.Ε.Κ.) Νεάπολης.
Από την ίδρυση της μέχρι και σήμερα, η Σ.Α.Ε.Κ. Νεάπολης κατέχει σημαίνουσα θέση μεταξύ των δημόσιων και ιδιωτικών εκπαιδευτικών οργανισμών επαγγελματικής κατάρτισης, καθώς σε όλο αυτό το διάστημα έχει προσφέρει υπηρεσίες ποιοτικής εκπαίδευσης σε περισσότερους/ες από 10.000 καταρτιζόμενους/ες σε διάφορες ειδικότητες και πολλοί απόφοιτοι έχουν ξεκινήσει και συνεχίζουν την επαγγελματική τους καριέρα σε γνωστές επιχειρήσεις, ενώ άλλοι ακολούθησαν την προσωπική τους πορεία και συνεχίζουν ως καταξιωμένοι ελεύθεροι επαγγελματίες.